【説明】
鳥居家が改易となり、高遠藩領はしばらく幕府直轄地となっていた。元禄4年（1691年）、河内富田林藩より「内藤清枚」が3万3千石で入封し再び高遠藩が立藩された。第2代藩主「頼卿」の時代から藩の財政難が始まり、藩政改革が試みられた。

第7代藩主「内藤頼寧」は産物会所設置による産業奨励、学問の奨励、新田開発計画、藩直営の桑園経営などに手腕を発揮して藩政改革に成功を収めた。幕政においても日米関係の上申書を提出したり、兵備を西洋式に改変して藩士に訓練させたり開明的な藩主だった。

安政6年（1859年）、最後の藩主となった「内藤頼直」は藩校である進徳館の設立や長州征伐への参加で活躍した。慶応4年（1868年）の「戊辰戦争」ではいち早く新政府軍に与し、「北越戦争」「会津戦争」に参戦した。

明治2年（1869年）の「版籍奉還」で内藤頼直は高遠藩知事となる。そして明治4年（1871年）の廃藩置県で高遠藩は廃藩となり高遠県を経て、同年12月には筑摩県に編入された。

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